Généralement situé à la sortie du moteur, le filtre allergyPlus permet de filtrer efficacement les particules qui sont aspirées par l'appareil pour que l'air rejeté dans l'appartement reste sain pour les personnes sensibles aux allergies ou celles souffrant d'asthme par exemple. Selon le modèle, le filtre peut également être de type
HEPA voire lavable et capturer jusqu'à 99,95% des allergènes, ce qui peut être utile pour les propriétaires d'animaux domestiques.
Différents filtres supplémentaires peuvent également être présents afin d'optimiser la filtration. C'est par exemple le cas chez Rowenta dont certains aspirateurs disposent d'un filtre pré-moteur et d'un filtre de sortie tous deux associés au sac (ou au
système cyclonique) pour obtenir un triple niveau de filtration pouvant filtrer jusqu'à 99,98% de la poussière d'après la marque. On retrouve également des filtres
Allergy Plus H13 (chez AEG et Electrolux), qui, grâce au système de filtration spécial de l'aspirateur peut capturer jusqu'à 99,99% des particules de poussière supérieures à 1 micromètre (selon la norme Européenne EN60312-1-2017).